La Sidonia se enfrenta a una nueva clase de Guana, fuertemente armada y sorprendentemente agresiva. Muchos pilotos novatos no estaban preparados para este cambio en la amenaza. Nagate Tanikaze, a pesar de tener pocas horas de vuelo, decide improvisar un plan para rescatar a un camarada dejado atrás. Al regresar, descubre más sobre el origen de los Guana... justo antes de quedar aislado en el espacio por la envidia de otro piloto.
