Tras la furiosa batalla contra los Gauna, la tripulación de la Sidonia debe afrontar nuevas amenazas: Garde Serie 19 equipados con aceleradores de masa portátiles y cañones de riel de varios kilómetros de longitud; Nagate y sus compañeros perfeccionan sus tácticas de combate en un entrenamiento extremo mientras conspiraciones internas ponen en riesgo la supervivencia de la humanidad
